Pierwszy kościół drewniany został ufundowany prawdopodobnie w roku 1040. Pierwsza wzmianka o powstałej przy kościele parafii pochodzi z roku 1316. Nowy kościół wzniesiono po drugiej połowie XIV w. Po jego spaleniu w roku 1316, odnowili go parafianie. W roku 1806 wojska francuskie zamieniły kościół w magazyn siana i słomy i bardzo go zniszczyły. Kościół groził upadkiem i w roku 1810 magistrat miasta Gniezna, uznał kościół niezdatnym do reperacji. Uratował ten zabytkowy kościół ks. Proboszcz Michał Jasieniecki (+1831), a jego odbudowa trwała do roku 1815. Od dawna kościół był siedzibą dekanatu, o niewyjaśnionej do dziś tytulaturze "św. Michała Zbarskiego". Niektórzy badacze doszukują się w niej nazwy wczesnośredniowiecznego Gródka Zbaru, położonego na wzgórzu, w miejscu dzisiejszego kościoła, przy trakcie świętowojciechowym do Trzemeszna.
Świątynia należała do dawnego przedmieścia Wójtostwa będącego do roku 1659, samodzielną jednostką administracyjną, istniejącą poza jurysdykcją miasta królewskiego, dopiero w XIX w. komunalnie z miastem Gnieznem połączonej. Była to świątynia parafialna tego Wójtostwa. Obecny kościół pochodzi z epoki rozkwitu sztuki gotyckiej, tj. z przełomu XIX/XX w. Podobieństwo szczegółów, zachowanego w pierwotnym kształcie sklepienia prezbiterium, do naw bocznych katedry gnieźnieńskiej, uprawnia do wniosku, że kościół ten budowano w tym samym mniej więcej czasie, co nawy katedry gnieźnieńskiej, tj. w drugiej połowie XIV w. Kościół w bryle gotyckiej, jest budowlą trzynawową, halową, orientowaną. Murowany z cegły w układzie polskim. Układ cegieł, na skutek wielokrotnych przeróbek, zatarty. W prezbiterium, sklepienie krzyżowo-żebrowe, o żebrach zwornikach i wspornikach za sztucznego kamienia i dekoracją rzeźbiarską ze scenami polowań i figuralno-roślinną. Oba zworniki posiadają herb Jastrzębiec, być może abp. gnieźnieńskiego Wojciecha Jastrzębca (+1436), drugiego Prymasa Polski.
Reszta świątyni otrzymała obecny kształt przy restauracji w latach 1811 - 1815. W nawach sklepienie korytkowe. Chór muzyczny wsparty na dwóch kolumnach z XIX w. Na dachu kościoła znajduje się sygnaturka. Ślady gotycyzmu zachowały się, poza prezbiterium, tylko ostrołukiem nad kruchtą południową, która była otwartym przedsionkiem, i na zewnętrznych ścianach kościoła, od północy jednouskokowymi, a od południa dwuuskokowymi szkarpami. W zewnętrznej południowej ściany nawy i prezbiterium znajdują się dołki wiercone w cegle, pochodzące od tak zwanych świdrów ogniowych, w średniowieczu służących do krzesania rytualnego ognia w Wielką Sobotę. W XIV w. przy kościele istniał szpital, a w pobliżu położony był targ skórny i ratusz. W miejscu dawnej kruchty zachodniej, w roku 1900, staraniem ks. Prob. A. Ussorowskiego, została dobudowana wieża neobarokowa, na której znajdują się trzy dzwony, jeden z roku 1820 i dwa z roku 1838. Nowszą kruchtę dobudowano od południa.
Należy odnotować, że dnia 06 marca 1795 r. Był w kościele abp. gnieźnieński Ignacy Krasicki, poeta i powieściopisarz. Na zewnętrznej ścianie południowej i wschodniej kościoła, tablice upamiętniające pochowanych tu kapłanów i dobrodziejów kościoła, a pod krucyfiksem tablica upamiętniająca ks. Franciszka Napierałę, proboszcza tego kościoła, zamęczonego w roku 1942 w Dachau. Kościół został poświęcony w roku 1521, a pamiątkę jego poświęcenia obchodzi się w ostatnią niedzielę października. Uroczystości odpustowe, ku czci świętego Michała Archanioła, patrona tej parafii, są obchodzone 29 września. Corocznie podczas uroczystości odpustowych św. Wojciecha przenosi się w procesji relikwie tego świętego, z Bazyliki Prymasowskiej, do tego kościoła, które nazajutrz po całonocnej adoracji Najświętszego Sakramentu, wracają w uroczystej procesji, na swoje miejsce.
